马云在阿里巴巴的持股比例为7%，是阿里的第三大股东。

拓展资料：

截止2017年6月9日，软银持有阿里巴巴股权29.2%，为第一大股东。雅虎持有阿里巴巴股权15%，为第二大股东。虽然马云及合伙人只持有公司的少数股份，但却有绝对的控制权。在公司成立之初，为了防止大权旁落，阿里合伙人与软银、雅虎达成了一整套表决权拘束协议，以进一步巩固合伙人对公司的控制权。

阿里巴巴之选择在美国纳斯达克敲钟，就是因为马云及团队实行的阿里巴巴合伙人制度相当于同股不同权。也就是说，美国的雅虎以及日本的软银虽为第一、第二号股东，但是没有权利决定阿里巴巴走向，只可以享受阿里巴巴的分红收益。

参考资料：

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